![]() |
|
РУССКИЙ | ENGLISH | |
Method of targeted bisulfite massive parallel sequencing of the human LINE-1 retrotransposon promoterИндекс метилирования промотора ретротранспозона LINE-1 является одним из наиболее часто используемых маркеров для оценки глобального уровня метилирования генома в различных клетках и тканях человека. Учеными НИИ медицинской генетики разработан протокол на основе массового параллельного секвенирования для анализа метилирования ДНК промотора ретротранспозона LINE-1. Этот подход позволяет оценить индекс метилирования ДНК в 19 CpG-сайтах в промоторе LINE-1, которые обладают наибольшей тканеспецифической или опухолеспецифической изменчивостью. Метод обеспечивает оценку либо индекса метилирования каждого сайта CpG независимо, либо среднего индекса метилирования ДНК по промотору LINE-1. Результаты, полученные с использованием разработанного метода, хорошо соответствовали уровню метилирования, оцененному с использованием коммерчески доступного набора для пиросеквенирования ДНК. Кроме того, разработанный метод предоставляет гораздо больше информации: 1) профиль метилирования ДНК значительной части промотора LINE-1 и 2) уровень метилирования ДНК в отдельных локусах LINE-1 в геноме. Метод таргетного бисульфитного массивного параллельного секвенирования промотора ретротранспозона LINE-1 человека может быть использован в крупномасштабных исследованиях глобального уровня метилирования генома в нормальных клетках человека или опухолях.
Исследование выполнено при поддержке гранта РНФ № 19-74-10026 «Эпигенетический ландшафт в анеуплоидных эмбрионах человека».
Ссылка на публикацию: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215016121002387
просмотров: 1534, опубликовано: 07.07.2021
|
|
Copyright © НИИ Медицинской Генетики | ![]() |