Екатерина Александровна с отличием закончила в 2006 году медико-биологический факультет Сибирского государственного медицинского университета. С 2006 по 2009 год обучалась в аспирантуре НИИ медицинской генетики (г. Томск). После ее окончания с 2009 года работает в лаборатории эволюционной генетики института сначала младшим научным сотрудником, а после успешной защиты в 2010 году кандидатской диссертации - научным сотрудником. В 2010 году окончила интернатуру по специальности «клиническая лабораторная диагностика». В 2013 году закончила обучение в ординатуре Сибирского государственного медицинского университета по специальности «генетика».

Основная сфера научных исследований Е.А. Трифоновой связана с фундаментальными и прикладными направлениями в области геномики и транскриптомики многофакторных заболеваний. Екатерина Александровна является автором более 80 печатных трудов, в том числе 2 монографии, 63 публикации в ведущих российских и зарубежных журналах, а также одного учебно-методического пособия. Имеет 1 российский патент на изобретения.

Е.А. Трифонова принимает активное участие в организации и проведении научных исследований при поддержке отечественных научных фондов (руководитель проектов РФФИ «Выявление этно-популяционных характеристик подверженности к преэклампсии в популяциях России с использованием подходов геномики и транскриптомики» № 14-04-01467; «Роль регуляторных участков генома в подверженности к осложненному течению беременности» № 18-44-700007; исполнитель по проектам «Эволюционная генетика ожирения» № 18-04-00758; «Популяционная геномика и транскриптомика человека: поиск сигналов не-нейтральной эволюции» № 18-29-13045), а также выполнении федеральных целевых программ (руководитель проекта «Интегрированный анализ полногеномных и транскриптомных данных для идентификации эволюционных аспектов формирования репродуктивных заболеваний человека», исполнитель по проектам «Сравнительное популяционно-генетическое изучение широко распространенных мультифакториальных заболеваний в популяциях EU/AC и России. 02.527.11.0006», «Изучение генетического разнообразия в современных популяциях человека. П321», «Работы по проведению проблемно-ориентированных поисковых исследований и созданию научно-технического задела в области наук о жизни с участием научно-исследовательских организаций Австралии», «Этническая геномика населения Сибири. 02.512.11.2289», «Коэволюция генома и фенома человека: генетическое разнообразие популяций и фенотипическая вариабельность синтропных признаков. 02.740.11.0284»). Научные достижения Е.А. Трифоновой отмечены Почётной грамотой Администрации города Томска (2012 г.), дипломом Лауреата Премии Томской области в сфере образования, науки, здравоохранения и культуры в номинации «Премии научным и научно-педагогическим коллективам» (2017 г.).